Scripts¶
Este site também funciona como repositório de código: os scripts que uso nas análises e nos tutoriais ficam versionados no GitHub, abertos para qualquer pessoa ler, baixar e adaptar.
Repositórios¶
mwdbrito / bioinformatics-tutorials
Código-fonte do MwInSilico
Os textos, as figuras e a configuração deste site (MkDocs + Material). Encontrou um erro? Use o ícone de lápis no topo de qualquer página para sugerir uma correção.
em preparação
Pipeline de RNA-Seq
Scripts em Python, Bash e R do GEO aos genes diferencialmente expressos (download, FastQC, Trim Galore, STAR/Salmon, DESeq2 e clusterProfiler), com container Apptainer.
em preparação
Exploração do TCGA/GDC
Protocolo em R com TCGAbiolinks para inventariar casos, amostras, arquivos e metadados clínicos de um projeto TCGA.
Como usar¶
# baixe o repositório
git clone https://github.com/mwdbrito/bioinformatics-tutorials.git
cd bioinformatics-tutorials
Reprodutibilidade
Sempre que possível, os scripts vêm acompanhados de um container (Apptainer/Singularity) com as versões exatas das ferramentas, para que a análise rode da mesma forma no seu notebook ou num cluster HPC.
Dúvidas ou sugestões?
Abra uma issue no GitHub ou mande uma mensagem no Instagram @MWInSilico.