Postagens¶

Aqui fica a versão completa do que publico no Instagram @MWInSilico: o carrossel resume a ideia, e o texto daqui aprofunda, com figuras, widgets interativos e referências. Os textos estão organizados em séries que funcionam melhor quando lidas em ordem, mas cada um também se sustenta sozinho.

Dica de leitura

Siglas sublinhadas (como NGS ou UMI) mostram a definição quando você passa o mouse sobre elas. A lista completa está no Glossário.

Série 1 — Fundamentos¶

Os conceitos que sustentam qualquer análise em bioinformática: como a informação genética flui na célula e como aprendemos a lê-la.

Parte 1 de 2

O Dogma Central da Biologia evoluiu — e a Bioinformática ajuda a acompanhá-lo

DNA → RNA → proteína, as "transferências especiais", os RNAs que nunca viram proteína e as camadas ômicas.

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Parte 2 de 2

Sequenciamento de DNA: da descoberta às tecnologias modernas

Sanger, NGS e terceira geração (PacBio e Nanopore): leituras curtas e longas, e a queda do custo do genoma.

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Série 2 — Como medimos o transcriptoma¶

Três tecnologias para medir a expressão gênica. Cada uma resolve uma limitação da anterior: a média do bulk, a perda de resolução celular e, por fim, a perda da posição no tecido.

Parte 1 de 3

RNA-Seq (Bulk): a Fotografia Média do Transcriptoma

Preparo de biblioteca, sequenciamento por síntese, alinhamento e matriz de contagens.

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Parte 2 de 3

Transcriptômica de Célula Única (scRNA-seq)

Isolamento de células, códigos de barras e UMIs, dados esparsos e a heterogeneidade celular.

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Parte 3 de 3

Transcriptômica Espacial

Métodos por imagem e por sequenciamento: como medir a expressão sem perder a posição de cada célula.

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Série 3 — O que sai do sequenciador¶

Os arquivos que aparecem em toda análise: o que cada formato guarda, como ler cada um e em que etapa do pipeline ele entra.

Parte 1 de 4

Os arquivos do RNA-Seq: FASTQ, FASTA, GTF, BAM e a matriz de contagens

O caminho do dado bruto até a tabela genes × amostras, um formato de cada vez.

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